De kerk die er nu staat is helaas niet meer de kerk die gebouwd is in de periode van de Maatschappij van Weldadigheid. In 1962 werd besloten om de oude kerk af te breken en een nieuwe te bouwen naar ontwerp van P. Starmans uit Utrecht. In 1964 werd de eerste steen gelegd en in 1965 was de inwijding.

In 1851 werd de Hervormde Gemeente te Frederiksoord zelfstandig ten opzichte van Vledder. De dat jaar gebouwde kerk is een driezijdig gesloten neoclassicistische zaalkerk met een geveltoren met ingesnoerde naaldspits. De naastgelegen pastorie dateert van 1913. Door de stichting van de Maatschappij kwam ook een aantal katholieken naar Frederiksoord. De geestelijke verzorging was in handen van de kapelaan van Steenwijkerwold, die als deservitor (waarnemend pastoor) van de statie Frederiksoord werd aangewezen. Van 1822 tot 1845 werden de H. Missen gelezen in een schoollokaal.

In 1845 werd de nieuwe statiekerk geconsacreerd, ontworpen door Adriaan Kommers Pz. van rijkswaterstaat. In 1855, na het herstel van de Bisschoppelijke Hiërarchie, werd Frederiksoord een zelfstandige parochie en genoemd naar de Evangelist Joannes. Het bijzondere was, dat de bisschop de grenzen van de parochie niet had afgebakend. Men was bang dat de Maatschappij van Weldadigheid kon worden opgeheven en dat daarmee dan ook de katholieken zouden verhuizen. De parochie zou dan gemakkelijk kunnen worden opgeheven.

De foto die hiernaast te zien is, is de kerk in Vledder die dus in eerste in ook gebruikt werd door de kolonie (tot 1851). Hieronder is nog een foto te vinden van de kerk in Frederiksoord die inmiddels is afgebroken. Het plaatje komt van internet en is een oude ansichtkaart.